Las instalaciones acuáticas están expuestas a la aparición y desarrollo de patógenos con el consiguiente riesgo de propagar infecciones microbiológicas. Muchas de ellas no se contraen en el agua, sino por contacto con materiales y superficies, siendo más frecuentes en estos casos las infecciones en la piel.
Los patógenos más frecuentes son hongos, virus y bacterias. Estos organismos se reproducen y proliferan rápidamente en ambientes húmedos, con temperaturas entre los 25º y 35º; además suelen refugiarse en superficies porosas, cavidades y recovecos, ya que ahí los tratamientos químicos no suelen llegar y por tanto no les afectan.